数据

在细菌基因组流行病学（genomic epidemiology）领域，SRST2是一个通过细菌全基因组测序读片段（reads）和参考基因数据库来快速检测目标基因的软件¹。SRST2-ARGannot是一个由Kathryn Holt实验室创建并维护、符合SRST2输入格式的ARG-ANNOT数据库。目前最新的版本是r3（revision 3，ARGannot_r3.fasta）。我作为SRST2-ARGannot r2版本的整理者[r3版本仅在r2基础上增加了抗粘菌素（colistin）的数个msr基因]，在长期使用SRST2的过程中积累了丰富的经验。在此，我对SRST2-ARGannot数据库作一个深入解析，希望能够对从事相关分析的读者有所帮助。