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在生物信息学领域，Python是最常用的编程语言之一，具有语法简洁、可读性好、模块丰富、以及编程社区活跃等优点。不过，因为它语句灵活和程序包庞大，即使是有一定经验的程序员，在应用中也可能会遇到一些问题。在本文中，我分享一些平时为了数据分析，在Xubuntu上作为系统管理员配置和使用Python的经验，希望能够对读者有所帮助。以后我会逐渐增加内容。

在运行了一个多月后，我终于把VirtualBox上的Xubuntu之车开到沟里去了。事情的起因是原有的VDI硬盘被写满（12 GB），在使用vboxmanage modifymedium disk bioinformatics.vdi --resize 32768 命令扩容后，出现输入正确的密码后，无法登录（闪退）的问题。通过root用户名登录进系统后，发现sudo用户home文件夹下很多文件和子文件夹的所有者变成了root（从而无法在启动时被其他用户访问）。运行ldconfig命令并删除了其他用户的.Xauthority文件后，其他用户可以登录，却发现Xubuntu桌面环境出现了这样那样的异常，可能依然是那些变成了root所有的用户文件导致的。几经修理，却是解决了一个问题，又出现了新的问题，最后连Xubuntu和Gnome桌面环境都全部丢失（只剩下Xfce桌面），而且网络适配器也不再工作。如此这般，再修下去毫无益处，不如重装。幸好这个系统只是用来测试软件的，并没有存放任何重要文件。这次经历，让我体会到了那种”生小病住院，这治那治，病却越治越多，最后不治身亡“的无奈。以本篇博文，记录下这段时间使用Linux的四点心得。

Linux操作系统因为其免费、开源、以及强大的命令行界面，广泛应用于生物信息学和计算生物学领域。一直以来，我都是通过在VirtualBox虚拟机上运行Xubuntu的方式，为Linux环境下的应用程序搭建开发和测试平台。与ubuntu标准版相比，对配置要求很低的Xubuntu能够保证在个人电脑上流畅运行，是很适合个人学习、演示、与一般应用场景的操作系统。但是，在虚拟机上安装Xubuntu后，用户通常遇到的第一个运行困难就是初始屏幕分别率太低的问题——显然，800×600的分辨率在今天高清屏流行的时代，已经难以使用。要解决这个问题，只需要三个步骤。

进入二十一世纪以来，全基因组测序（whole-genome sequencing，WGS）技术的发展为微生物学和流行病学研究带来了革命性变化。同时，全基因组数据与计算生物学的结合也开创了基因组流行病学（genomic epidemiology）这一全新研究领域。作为获取基因组信息的途径和解答生物学问题的基础，生物信息学软件得到了人们的高度重视。每年都会有大量的优秀软件被开发出来，同时，既有软件的升级维护也推动了行业发展。在本文中，我概述面向微生物基因组的一些前沿且应用广泛的生物信息软件，并且会长期保持更新。对已经在生物信息学领域耳熟能详的那些经典软件（比如BLAST，BWA，Bowtie和PLINK等），本文不再赘述。