听说最近新型冠状病毒（SARS-CoV-2）已经成功横渡英吉利海峡，从伦敦的希思罗机场入境，在英国蔓延开来。虽然现在欧洲的新冠肺炎（COVID-19）疫情并不在许多传染病模型的预测之外，但是当病毒终于从遥远的祖国来到自己身边的时候，还是能感受到全球化时代“地球村”的紧密。为了不给祖国人民添乱，我就准备坚守伦敦，拒病毒于家门之外——有种快要打仗的感觉呢！取消了周末出游的行程，尽量选择在人少的时候错峰出行，准备了一些解表的感冒药（如果自己被感染了，大概率会是像重感冒一样的表现吧）和能吃两周的食物（以防被要求在家隔离的情况），不参加非必须的聚会，多走路少乘公交，多吃水果，早睡早起，勤洗手——在保护自己的同时，也算是主动减轻社会防疫的压力吧。1 据说现在一个人的智商等于100减去家里卫生纸卷的数量，我自然是不敢屯卫生纸的。周末宅在家里，晒着难得的初春暖阳，正好可以读书写文。
在细菌基因组流行病学（genomic epidemiology）领域，SRST2是一个通过细菌全基因组测序读片段（reads）和参考基因数据库来快速检测目标基因的软件1。SRST2-ARGannot是一个由Kathryn Holt实验室创建并维护、符合SRST2输入格式的ARG-ANNOT数据库。目前最新的版本是r3（revision 3，ARGannot_r3.fasta）。我作为SRST2-ARGannot r2版本的整理者[r3版本仅在r2基础上增加了抗粘菌素（colistin）的数个msr基因]，在长期使用SRST2的过程中积累了丰富的经验。在此，我对SRST2-ARGannot数据库作一个深入解析，希望能够对从事相关分析的读者有所帮助。
进入二十一世纪以来，全基因组测序（whole-genome sequencing，WGS）技术的发展为微生物学和流行病学研究带来了革命性变化。同时，全基因组数据与计算生物学的结合也开创了基因组流行病学（genomic epidemiology）这一全新研究领域。作为获取基因组信息的途径和解答生物学问题的基础，生物信息学软件得到了人们的高度重视。每年都会有大量的优秀软件被开发出来，同时，既有软件的升级维护也推动了行业发展。在本文中，我概述面向微生物基因组的一些前沿且应用广泛的生物信息软件，并且会长期保持更新。对已经在生物信息学领域耳熟能详的那些经典软件（比如BLAST，BWA，Bowtie和PLINK等），本文不再赘述。