理论

听说最近新型冠状病毒（SARS-CoV-2）已经成功横渡英吉利海峡，从伦敦的希思罗机场入境，在英国蔓延开来。虽然现在欧洲的新冠肺炎（COVID-19）疫情并不在许多传染病模型的预测之外，但是当病毒终于从遥远的祖国来到自己身边的时候，还是能感受到全球化时代“地球村”的紧密。为了不给祖国人民添乱，我就准备坚守伦敦，拒病毒于家门之外——有种快要打仗的感觉呢！取消了周末出游的行程，尽量选择在人少的时候错峰出行，准备了一些解表的感冒药（如果自己被感染了，大概率会是像重感冒一样的表现吧）和能吃两周的食物（以防被要求在家隔离的情况），不参加非必须的聚会，多走路少乘公交，多吃水果，早睡早起，勤洗手——在保护自己的同时，也算是主动减轻社会防疫的压力吧。¹ 据说现在一个人的智商等于100减去家里卫生纸卷的数量，我自然是不敢屯卫生纸的。周末宅在家里，晒着难得的初春暖阳，正好可以读书写文。

在分子系统演化学（molecular phylogenetics）领域，贝叶斯系统演化学（Bayesian phylogenetics）是在20世纪90年代末，借助于计算机技术和算法的进步而发展起来，并且得到广泛应用的一种方法论¹。在此，我对该方法的基本原理做一个简明扼要的总结。作为初学者，本文难免存在谬误，欢迎读者指正。对系统生成树重建感兴趣的读者，不妨阅读文末的参考文献。